Der Kontinentalschelf fällt 60 Meter vor Shute Harbour ab, und die Whitsunday Passage leitet nährstoffreiche Strömungen über 74 Inseln, die Korallenformationen speisen, welche an ruhigen Vormittagen von der Oberfläche aus sichtbar sind.
Glasbodenboot-Touren ab Airlie Beach nutzen diesen flachen Riffkorridor, indem Acryl-Sichtfenster in Rümpfe mit weniger als einem Meter Tiefgang eingelassen werden. Dies ermöglicht es den Anbietern, über Hirschhorn- und Tellerkorallenkolonien zu treiben, ohne zu ankern oder Sedimente aufzuwirbeln. Die Technik stammt aus den 1960er Jahren, als kommerzielle Fischerboote in Queensland Perspex-Platten in ihre Decks schweißten, um Flusskrebsbestände zu lokalisieren; Tourismusanbieter in den Whitsundays übernahmen diese Modifikation in den frühen 1980er Jahren, als sie feststellten, dass Besucher das Beobachten des Riffs dem Angeln vorzogen.
Die heutige Whitsunday-Glasbodenbootflotte bedient zwei Märkte: kurze Korallen-Beobachtungsrundfahrten für Passagiere, die nicht schnorcheln, und ganztägige Öko-Kreuzfahrten, die Unterwasserbeobachtungen mit Strandbesuchen auf Whitehaven und Hill Inlet verbinden. Letztere Routen verlassen Shute Harbour zwischen 8:00 und 10:00 Uhr, um bei der Ankunft am nördlichen Ende von Whitehaven mit der mittleren Tide zusammenzufallen, wenn der Quarzsand zum Gehen fest genug ist, aber das Gezeitenästuar von Hill Inlet seine marmorierte türkisfarbene Abstufung zeigt. Anbieter planen Schnorchel-Stopps an Maureen's Cove oder Luncheon Bay ein, wo Saumriffe sanft auf 12 Meter abfallen und die Sicht an windstillen Tagen 20 Meter übersteigt. Die Glassichtfenster bleiben während dieser Stopps funktionsfähig, sodass Nichtschwimmer vom Deck aus Papageienfische, Lippfische und junge grüne Meeresschildkröten beobachten können, während Schnorchler den äußeren Riffsaum erkunden.
Die Whitsundays liegen im südlichen Sektor des Great Barrier Reef Marine Park, und alle kommerziellen Schiffe, die Glasbodenboot-Touren durchführen, halten Lizenzen, die Passagierzahlen, Ankerpunkte und Annäherungsabstände zum Riff einschränken. Die Korallengesundheit in der Passage schwankt mit der Zyklonhäufigkeit und dem Ausbruch von Dornenkronenseesternen; Basisuntersuchungen im Jahr 2024 verzeichneten 40 Prozent lebende Korallenbedeckung an beliebten Beobachtungsplätzen bei Hook Island und Border Island, ein Rückgang gegenüber 55 Prozent im Jahr 2016, jedoch stabil seit 2022. Betreiber rotieren zwischen acht ausgewiesenen Beobachtungszonen, um die kumulativen Auswirkungen zu minimieren, und die meisten Schiffe nutzen heute Drift-Beobachtungstechniken, bei denen die Motoren ausgeschaltet werden und die Gezeitenströmung das Boot über die Korallen treibt, anstatt die Position mit Triebwerken zu halten. Das Sichtfenster selbst stellt ein minimales ökologisches Risiko dar – die Lichttransmission durch Acryl unterscheidet sich um weniger als fünf Prozent vom offenen Wasser –, aber die Präsenz von 30 Touristen, die sich über ein einzelnes Fenster beugen, kann den Tiefgang eines 12-Tonnen-Katamarans um 15 Zentimeter verschieben, nah genug, um flache Korallenköpfe während niedriger Frühjahrstiden zu streifen. Kapitäne, die nach den Protokollen der Marine Park Authority geschult wurden, halten einen 10-Meter-Puffer zu Riffstrukturen ein, selbst wenn Sicht und Nachfrage der Passagiere eine nähere Annäherung begünstigen würden.
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